В настоящее время новый Генеральный директор избирается Генеральной конференцией раз в четыре года. В прошлом он назначался на шестилетний срок. Генеральный директор руководит Секретариатом, в задачу которого входит осуществление программ, утверждаемых Генеральной конференцией. Нынешний Генеральный директор ЮНЕСКО – Коитиро Мацуура (Япония) избран в 1999 г.

1999 - Коитиро Мацуура, Япония
1987 - 1999 Федерико Майор, Испания
1974 - 1987 Амаду-Махтар М’Боу, Сенегал
1962 - 1974 (временно исполняющий обязанности с 1959 по 1962) Рене Майо, Франция
1958 - 1961 Витторино Веронезе, Италия
1953 - 1958 Лютер Эванс , США
1952 - 1953 (исполняющий обязанности) Джон В. Тейлор, США
1948 - 1952 Хайме Торрес Бодет, Мексика
1946 - 1948 Джулиан Хаксли, Великобритания